中国科学院地球环境研究所的前身是1985年建立的中国科学院西安黄土与第四纪地质研究室，于1999年经国务院中编办和中国科学院批准成立，同时整体进入中国科学院知识创新工程试点。
根据中国科学院“关于印发《关于研究所制定我院‘十二五’发展规划的工作方案》”文件的精神，研究所在完成“十二五”规划的基础上，凝练出一个定位、二个重大突破和三个重点培育方向的“一三五”发展目标。一个定位：地球环境研究所定位于区域和全球不同时间尺度气候和环境变化过程、规律、机制、发展趋势与对策研究，发展独具特色的亚洲季风-干旱环境变化理论，在国际地球环境科学前沿做出创新性科学贡献，为我国西部经济社会可持续发展和生态环境修复提供基础性、战略性和前瞻性科学建议，将研究所建设成为国际*的大陆环境变化科学研究中心和高水平人才培养基地；二个突破：亚洲季风-干旱环境变迁机理的新理论、宇宙成因核素和元素碳的环境示踪新方法；三个重点培育方向：环境变迁动力学、宇宙成因核素的环境示踪与年代学、气溶胶与区域生态环境变化。
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